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秦朝末年（前206年），南越郡尉赵佗拥兵自立，建立南越国。南越国时期，清远南部地区仍属番禺县管辖。清远市境最早的政区建置为桂阳县（今连州等地）。其设立时间一般认为在西汉文帝（公元前179年—公元前164年）初年或更早，隶属荆州桂阳郡。

元鼎六年（前111年），汉武帝派兵南下，结束南越国的统治。同年，在今清远市境设立中宿、阳山、含洭、浈阳4县。其中，中宿县隶属交趾部南海郡，阳山县、含洭县、浈阳县（含洭县、浈阳县为今英德市地），隶属荆州桂阳郡。东汉时期，今清远市境政区设置及隶属关系略有变动。建安八年（203年），交趾部改为交州，州治广信。建安十五年（210年），交州州治迁番禺，广州从此成为相当于现今省级行政区的政治中心。中宿县由隶属交趾部南海郡相应改为隶属交州南海郡。建安二十五年（220年）阳山县并入含洭县。

三国时期，吴黄武五年（226年）孙权划出交州东部的南海、苍梧、郁林、高凉4郡设置广州，历史上第一次出现广州之名。吴甘露元年（265年），阳山县复置，与桂阳、含洭、浈阳、中宿4县归属新设立的荆州始兴郡。清远全境属吴国荆州。

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